Решение: Нужно отменить назначение клавиши Super L на вызов меню.
Щелкните правой кнопкой мыши значок меню в нижней левой части рабочего стола.
Нажмите «Настройки»
На начальной вкладке «Основная кнопка» щелкните в поле справа от «Комбинация клавиш»

Нажмите новую комбинацию горячих клавиш (я выбрал win + пробел ). Получилось так:

Теперь мои настройки горячих клавиш для вызова shutter работают и на русской и на английской раскладке.